تدور قصة الفيلم حيث تعود (أليس) إلى العالم الخيالي بعد زيارتها الأولى له، وهي الآن تبلغ من العمر 19 عامًا، وقد تحول معظم المخلوقات هناك إلى جانب الشر، وتجد نفسها في وسط صراع بين الملكة البيضاء، والملكة الحمراء، وتقابل بعض المخلوقات الخيّرة، والصديقة التي تساعدها في البحث عن طريق العودة